پس از پایان جنگ، صنیع‌خانی به دلیل اختلافاتی که با فرماندهان داشت، رابطه‌ای منفی با آنها برقرار کرد. او در سالهای اخیر بسیار انتقادگر وضع موجود بود و نامه‌های زیادی به سمت‌های مختلف ارسال میکرد تا از وضعیت کشور انتقاد کند.
سعید حجاریان در روزنامه هم میهن نوشت:
با کمال ناباوری خبر درگذشت دوست قدیمی ام جناب آقای سید علی صنیع‌خانی را شنیدم.
سید سالهای قبل از انقلاب همکلاسی من بود. پس از انقلاب به خدمت سربازی رفت و در دوران جنگ خدمات زیادی انجام داد.
پس از جنگ به دلیل اختلاف با فرماندهان به طور کامل به آنها پشت کرد و در سال های اخیر انتقاد شدیدی از وضعیت موجود داشت و نامه هایی را پشت سر هم در انتقاد از وضعیت کشور نوشت.
صنیع‌خانی زندگی پاکی داشت و برای کمک به مردم جنوب شهر مؤسسه همیاران نازی آباد را برای سازماندهی جوانان نازی آباد تأسیس کرد. او تنها کسی بود که در محله ماندیم. از این رو با مصائب مردم به خوبی آشنا بود و به خوبی مشکلات محله های خانی آباد نو، نازی آباد، یاغچی آباد و… را به خوبی می دانست; مردم آن محله ها او را خوب می شناختند و همیشه مورد احترام بود.
صنیع خانی یکی از فرماندهان ارتش بود که با همسالانش تفاوت زیادی داشت و به جز او افراد کمی را می شناسم که چنین تمرینی داشته باشند.
خداوند رحمتش را بر دوست قدیمی من که در گرمابه و گلستان با هم بودیم و به اجدادش ملحق شد.
سیدعلی صنیع‌خانی
